Výskum na bunkovej a subcelulárnej úrovni si vyžaduje nekompromisnú optiku a pokročilé pozorovacie metódy. Mikroskopy pre mikrobiológiu a biochémiu sú určené pre vedecké inštitúty, virologické laboratóriá, univerzity, farmaceutický priemysel a špecializované diagnostické centrá, ktoré analyzujú baktérie, vírusy, kvasinky, parazity či živé bunkové kultúry.
V mikrobiologickej praxi je absolútnym štandardom použitie špičkových plan-apochromatických a imerzných objektívov (pre zväčšenie 1000x a viac). Pre detailné pozorovanie živých, nezafarbených a priehľadných mikroorganizmov v tekutom prostredí ponúkame modely vybavené fázovým kontrastom (Phase contrast) alebo tmavým poľom (Darkfield). Tieto techniky menia fázové posuny svetla na zmeny jasu, vďaka čomu inak neviditeľné štruktúry buniek jasne vystúpia do priestoru.
Pre potreby biochémie, molekulárnej biológie a genetiky zahŕňa táto kategória aj pokročilé fluorescenčné mikroskopy (na detekciu špecifických proteínov a protilátok pomocou fluorochrómov) a inverzné mikroskopy. Inverzné systémy majú konštrukciu so svetelným zdrojom zhora a objektívmi zospodu, čo vedcom umožňuje pohodlné pozorovanie rastúcich bunkových kultúr priamo v laboratórnych bankách, mikrotitračných doštičkách a Petriho miskách.
